集計データのカテゴリごとに計算方法を分けることはできますか？

可能です。
例えば、集計元データにカテゴリA、カテゴリB, カテゴリCがあるとします。
この場合、以下の手順でカテゴリごとに集計方法を変えることができます。

１．「集計先」アプリにカテゴリを表すフィールドを追加
２．以下のような式を集計先アプリに設定

式＝IFS(カテゴリ = "A", (カテゴリAの場合の式),
             カテゴリ = "B", (カテゴリBの場合の式),
             カテゴリ = "C", (カテゴリCの場合の式))