アプリの再利用をした場合(片方のアプリにデータがある場合)は特に問題なくリストア可能です。
相互ルックアップしているアプリのどちらも削除された場合は、テンプレート化したアプリからリストアを行うことは不可能ではないですが、
イレギュラーな操作となりますので、実際にご確認ください。
まず、手順といたしましては、「アプリの再利用」ではなく、「テンプレート」からアプリを作成（kintoneヘルプ）
していただく形となります。
前提条件：AとBというアプリがあり、相互にルックアップの紐づけが行われている。
A,Bそれぞれバックアップが取られていて、アプリテンプレートが保存されている。
目的：A,B両方を、前回定期バックアップが取られた時点の状態にリストアを行いたい。
設定方法
①アプリテンプレートからA'とB'のアプリを作成する（A'-B'でルックアップが紐づけられている）
②Bの定期バックアップからCSVファイルをダウンロードし、B'に「ルックアップ」と「ルックアップのコピー先フィールド」以外の項目をCSVにて読み込む
③Aの定期バックアップからA'にリストアを行う
④B'のレコードを一括削除する
⑤Bの定期バックアップからB'にリストアを行う
以上となります。
ルックアップの項目に関しましてはルックアップ先のアプリにデータが入っていないとCSV入力もリストアもできかねますので、一つのアプリの、ルックアップ以外の項目をCSV入力することによって、先にマスターとなるデータを作成していただければ、リストアが可能となります。
なお、CSV読み込みする場合、ルックアップの取得先である「コピー元のフィールド」の値の重複を禁止する必要がございます。そのため、コピー元のフィールドにて値が重複している場合は、重複しない状態にデータを編集していただくことが必要となります。
こちらは手元の環境で試してリストアできることを確認しておりますが、
手元で確認いたしました簡単なアプリでの検証となりますので、実際にお試しください。