メールテンプレートアプリの変更内容が、別のメールテンプレートに反映されてしまいます。

メールテンプレートは、メールセットではなく、メールテンプレートアプリに紐づく形となります。

そのため同一のメールテンプレートアプリを設定した場合は、
その他のメールテンプレートにも、連動される仕様となっています。

回避策

メールテンプレートアプリを別途作成し、新しく作成したメールテンプレートアプリを
新規メールセットに設定してご利用ください。

作成するアプリは、作成するアプリのイメージからご確認ください。