kintone接続設定で登録する接続ユーザーは、どのユーザーを登録すればいいですか？

バックアップの取得は、kBackup内、kintone接続設定に登録されているユーザーの権限で行います。
そのため、バックアップを取得されたいアプリが閲覧できるユーザーを接続設定に登録してください。
kintoneログイン情報を変更する

なお、リストア（データの復元）を行う際は、cybozu.com共通管理権限が必要となるため、
cybozu.com共通管理権限をお持ちのユーザーを接続ユーザーとすることを推奨しています。